「俺はこんな運命、認めない。……待ってて、撫子。
たとえなにを犠牲にしても、世界中を敵に回したとしても、絶対に君を助けるよ。必ず、君を迎えにいくから」


2010年、秋。
都内の私立学校「秋霖学園」の初等部に通う、小学6年生の主人公――九楼撫子。
ある日、新任教師の神賀旭による呼び出しで、撫子は「特別授業」を受けることになった。
特別授業を通じて、幼馴染の加納理一郎や転校生の海棠鷹斗と共に穏やかな日々を過ごしていた彼女は、一時期から毎日のように不思議な夢を見るようになる。
それは暗く陰鬱な、荒廃した世界の夢だった。

やがて、その夢は現実と交錯し始める。

――壊れた世界を支配する青年は、彼女と共に生きる未来を願い、
――壊れた世界を彷徨う青年は、彼女の未来を守ることだけを願っていた。

たったひとりの願いのために、世界は変わり、運命の歯車が廻りだす――。

「じゃあ、始めようか。【CLOCK ZERO】時を止める計画をね」